Perang ini berawal dari keinginan Federasi Malaya yang lebih dikenali sebagai Persekutuan Tanah Melayu pada tahun 1961 untuk menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak kedalam Federasi Malaysia yang tidak sesuai dengan perjanjian Manila Accord
Keinginan tersebut ditentang oleh Presiden Soekarno yang menganggap pembentukan Federasi Malaysia sebagai "boneka Inggris" merupakan kolonialisme dan imperialisme dalam bentuk baru serta dukungan terhadap berbagai gangguan keamanan dalam negeri dan pemberontakan di Indonesia.
Maka dibentuklah sukarelawan untuk dikirim ke negara itu setelah dikomandokannya Dwikora oleh Presiden Sukarno pada tanggal 3 Mei 1964 di Jakarta.
Adalah Harun Said dan Usman Hj Mohd Ali, dua anggota KKo (Korps Komando Operasi -kini dikenal dengan Korps Marinir) yang diberangkatkan ke Singapura dengan menggunakan perahu karet. Tugasnya adalah menyabotase kepentingan-kepentingan Malaysia dan Singapura.
Kemudian beberapa pengeboman pun terjadi di negara itu, namun pada peristiwa pengeboman MacDonald House (10 Maret 1965) di gedung Hongkong and Shanghai Bank yang terletak di Orchard Road, Singapura yang membuat tiga orang meninggal dunia dan sedikitnya 33 orang cederai, mereka tertangkap.
Pemerintah Singapura mengatakan bahwa Indonesia mengirimkan orang-orang yang bertujuan menyabotase keadaan di Singapura dan Malaysia.
Pengadilan Singapura kemudian memutuskan Keduanya dihukum gantung pada tahun 1968. Setelah mendapatkan penghormatan terakhir dari masya rakat Indonesia di KBRI, pukul 14.00 jenazah diberangkatkan ke lapangan terbang dimana telah menunggu pesawat TNI—AU. yang akan membawa ke Tanah Air.
Usman Janatin bin H. Ali Hasan (lahir di Dukuh Tawangsari, Desa Jatisaba, Kecamatan Purbalingga, Kabupaten Purbalingga, Jawa Tengah, 18 Maret 1943 – meninggal di Singapura, 17 Oktober 1968 pada umur 25 tahun) adalah salah satu dari dua anggota KKO (Korps Komando Operasi; kini disebut Marinir) Indonesia yang ditangkap di Singapura pada saat terjadinya Konfrontasi dengan Malaysia.
Tohir bin Said. (Lahir di Pulau Bawean tanggal 4 April 1943)
Anak ketiga dari Pak Mandar dengan ibu Aswiyani, yang kemudian
terkenal menjadi Pahlawan Nasional dengan nama Harun.